A AEFMUP está sediada no piso 01 do Hospital de São João, tendo a seu cargo a gestão patrimonial do denominado “corredor da Associação”, onde estão criados vários espaços de serviços, junto ao bar dos Serviços de Ação Social da Universidade do Porto, bem como as próprias instalações da AE, organizadas de acordo com o seguinte:

1. Secretaria da AEFMUP – Espaço de atendimento aos estudantes e público em geral pela funcionária Idalina Chibante e onde é efetuado o secretariado da AEFMUP.
2. Sala Prof. Hernâni Monteiro – Sala de trabalho da Direção. Local onde se processa o trabalho diário de organização de atividades, intervenção pedagógica e de gestão patrimonial e financeira.
3. Sala de Estudo Prof. Daniel Moura – Local destinado aos estudantes da FMUP, aberto durante a semana.
4. Sala de Estudo Prof. Doutor Joaquim Pinto Machado – Local destinado aos estudantes da FMUP, aberto 24h por dia.
5. Salão de Alunos – Espaço de lazer com cerca de 250m2 destinado aos alunos da FMUP.
6. Videoteca – Espaço inserido no Salão de Alunos e equipado com material audiovisual.
7. Corredor Comercial – Corredor comercial gerido pela AEFMUP onde se podem encontrar um centro de cópias, um snack-bar, uma tipografia, um centro de fotografia e telecomunicações, uma seguradora e uma ourivesaria.
8. Loja Editorial – Loja da associação onde são vendidas as sebentas didáticas, material de apoio médico e ainda os diversos artigos de merchandising produzidos pelas Comissões de Curso. É o local de trabalho da funcionária Marta Sousa.
9. Cacifos – Zona onde estão localizados cerca de 400 cacifos, geridos pela AEFMUP e que são cedidos aos seus associados.