O Núcleo de Gestão da DAEFMUP é constituído pelo Presidente, Tesoureiro, Vice-Presidente Externo, Vice-Presidente Interno e Vice-Presidente para a Comunicação. Tem como funções a gestão dos espaços, funcionários e parceiros da AEFMUP, garantindo a sustentabilidade financeira da AEFMUP. Para além disso, representa a AEFMUP em sede dos vários órgãos locais e nacionais, lutando pelos direitos dos estudantes de medicina e do ensino superior.
